El informe del Ministerio de Ciencia para la deducción fiscal por innovación tecnológica tiene carácter vinculante

Las empresas que llevan a cabo proyectos de innovación tecnológica están de enhorabuena. El Tribunal Supremo ha dictado este martes tres sentencias que establecen que los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación en relación con la deducción fiscal por innovación tecnológica tienen carácter vinculante para la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT). De este modo, se anulan sentencias previas de la Audiencia Nacional que favorecían a Hacienda en varios casos, al considerar erróneamente que la AEAT podía contradecir estos informes.

“Este fallo sienta un precedente importante en materia fiscal, al reafirmar que las empresas pueden acogerse a las deducciones por innovación tecnológica con la confianza de que los informes favorables del Ministerio de Ciencia no podrán ser ignorados ni desautorizados por la Agencia Tributaria”, asegura Rafael Legasa, director del área de Incentivos fiscales y miembro del Comité Ejecutivo de Zabala Innovation. “A partir de estas sentencias, se refuerza la seguridad jurídica de las empresas que invierten en I+D+i y se espera que la AEAT ajuste sus procedimientos a esta nueva interpretación”, añade.

Las resoluciones judiciales giran en torno a la interpretación del artículo 35.4 del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades de 2004, aplicable al caso y en vigor hasta 2014. Este artículo permite a las empresas solicitar un informe al Ministerio de Ciencia e Innovación para poder beneficiarse de deducciones fiscales relacionadas con actividades de innovación tecnológica. Este es vinculante para la Administración en todos sus aspectos, desde la calificación del proyecto como innovación tecnológica hasta la valoración de los gastos e inversiones presentados por las empresas. En consecuencia, ni la AEAT ni cualquier otro órgano de la Administración pueden contradecirlo o ignorarlo.

Contradicciones de la Administración

Las tres sentencias del Tribunal Supremo se han pronunciado en recursos de casación relacionados con decisiones previas de la Audiencia Nacional que apoyaron los informes del Equipo de apoyo informático, una unidad interna de la AEAT. Estos fueron utilizados por Hacienda para cuestionar las deducciones fiscales solicitadas por varias empresas. Los jueces, sin embargo, han considerado que estos informes internos no pueden contradecir un informe vinculante emitido por un órgano con competencia en la materia, como el Ministerio de Ciencia e Innovación.

El Tribunal Supremo ha argumentado que el informe vinculante del departamento que actualmente dirige Diana Morant incorpora todos los elementos necesarios para que las empresas puedan aplicar las deducciones fiscales correspondientes sin riesgo de corrección por parte de la Administración. Así, la interpretación de la AEAT, por la que estos podían ser cuestionados por otros informes internos, queda desestimada.

La decisión de los jueces radica en el principio de que la Administración no puede sostener, simultáneamente, que una actividad constituya innovación tecnológica y no lo constituya, o que una deducción fiscal sea válida y, a la vez, no lo sea. Esta contradicción, señalada en las sentencias, era uno de los argumentos de la AEAT en los casos en cuestión. El Tribunal Supremo, sin embargo, ha reafirmado que un informe vinculante no puede ser privado de su eficacia mediante un documento interno de la misma Administración, como el elaborado por el Equipo de apoyo informático.

Los jueces han analizado también si la AEAT podía neutralizar el valor del informe del Ministerio de Ciencia mediante este tipo de informes internos que no fueron presentados como prueba pericial durante los procesos judiciales. Según el Tribunal Supremo, la AEAT no puede crear pruebas que eliminen el valor vinculante de un informe emitido por otro órgano con competencia legal.

Necesidad de un peritaje imparcial

Además, ha señalado que los funcionarios del Equipo de apoyo informático carecen de la independencia y los conocimientos técnicos necesarios para evaluar cuestiones relativas a la innovación tecnológica o a la deducción fiscal asociada. En este sentido, el Tribunal Supremo ha enfatizado que cualquier informe que contradiga un dictamen vinculante del Ministerio de Ciencia debe provenir de un organismo con la suficiente competencia técnica y científica para hacerlo, lo que no ocurre en este caso.

Otro aspecto importante que se destaca en las sentencias es que, aunque en casos excepcionales pudiera admitirse una contradicción respecto a un informe vinculante, esta debería ser probada mediante peritaje imparcial, no por un documento interno generado por la misma Administración que busca cuestionar el informe.

En consecuencia, las sentencias del Tribunal Supremo declaran nulas las liquidaciones del Impuesto sobre Sociedades que habían sido recurridas ante la Audiencia Nacional, devolviendo a las empresas afectadas el derecho a aplicar las deducciones fiscales por actividades de innovación tecnológica. Asimismo, los jueces han dejado claro que el informe emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación tiene un carácter vinculante absoluto para Hacienda y otros órganos administrativos, lo que pone fin a una controversia que venía enfrentando a empresas y a la Administración Tributaria.